Penerapan Pasal 2 dan Pasal 3 UU Tipikor sejatinya banyak dipergunakan oleh para aparat penegak hukum guna menjerat atau bahkan mengkriminalisasi para terduga pelaku korupsi, ketidakpastian standar berupa "kerugian keuangan negara" antara BPK dan lembaga audit keuangan independent menjadi potensi kriminalisasi kebijakan (abuse of power vs kerugian negara) yang nyata. kendati pun telah beberapa kali telah diajukan uji materil terhadap ketentuan pasal tersebut, namun MK menolak uji materiil dan menegaskan pasal ini tetap berlaku (termasuk tanpa perlu pembuktian niat jahat/mens rea secara mendalam) sebagaimana Putusan Nomor 142/PUU-XXII/2024 dan Putusan Nomor 161/PUU-XXII/2024, namun menjadi dilema bagi para pencari keadilan dimana pasal tersebut dewasa ini penerapannya masih sering dianggap seperti "pukat harimau" yang multitafsir.
Adapun yang menjadi poin-poin utama polemik penerapan Pasal 2 dan Pasal 3 UU Tipikor:
- Subjek dan Perbuatan: Pasal 2 berlaku untuk "setiap orang" yang melawan hukum, sedangkan Pasal 3 ditujukan bagi mereka yang memiliki kewenangan/jabatan (menyalahgunakan wewenang) selaku "penyelenggara negara" (sebagaimana statment Prof. Dr. Romli Atmasasmita, SH., LLM., (Guru Besar Hukum Pidana & Ketua Tim Perumus Undang-Undang Tipikor) dalam persidangan perkara Nadiem Makarim di Pengadilan Tipikor Jakarta Pusat (Senin, 4 Mei 2026). namun anehnya di beberapa kasus masih banyak terdapat hakim yang menjatuhkan putusan terbalik dimana penyelenggara di putus berdasarkan dakwaan pasal 2 namun pihak swasta diputus berdasarkan dakwaan pasal 3, yang mana jelas menimbulkan kerancuan terhadap putusan-putusan tersebut.
- Ketidakpastian Kerugian Negara: Masalah utama muncul pada perhitungan "kerugian keuangan negara" atau "perekonomian negara" yang dianggap sering kali tidak memiliki standar yang jelas, sehingga menimbulkan ketidakadilan, semisal dalam perkara Tipikor ditemukaan dugaan kerugian negara oleh BPK namun dikemudian hari terdapat temuan kembali oleh BPKP maupun lembaga audit swasta, yang jelas menimbulkan ketidakpastian hukum atas penentuan kerugian negara.
- Kriminalisasi Kebijakan: Pasal-pasal ini sering digunakan untuk menjerat pejabat publik atau direksi BUMN yang mengambil keputusan bisnis, padahal tindakan tersebut seharusnya masuk ranah administratif (perdata/TUN), bukan pidana/tipikor.
- Diskresi Penegak Hukum: Ruang subjektivitas yang besar dalam menafsirkan perbuatan melawan hukum maupun penyalahgunaan wewenang berpotensi menyebabkan disparitas putusan pidana.
- Niat Jahat (Mens Rea): Terdapat perdebatan apakah tindakan administratif yang menimbulkan kerugian negara otomatis menjadi tindak pidana korupsi tanpa adanya mens rea (niat jahat).
- Status Hukum: Meskipun ada uji materiil yang meminta penghapusan/perubahan, MK menegaskan bahwa pasal tersebut tetap konstitusional dan sah digunakan, kendati MK sendiri mengakui adanya diskursus multitafsir dan ketidakkonsistenan aparat dalam penerapan ketentuan pasal tersebut.
Penerapan Pasal 2 dan 3 UU Tipikor harus diatur lebih rijid dan berjenjang, demi adanya kepastian hukum bagi para terduga pelaku korupsi, dimana kendati dalam proses penyelidikan dan penyidikan telah dilakukan pemeriksaan oleh Penyidik, namun praktiknya penyidik biasanya hanya melakukan pemeriksaan secara internal tanpa melibatkan pihak-pihak terkait dikarenakan kekhawatiran adanya intervensi dari pihak-pihak yang berkepentingan, namun dalam proses persidangan penentuan ada tidaknya kerugian negara harus dinilai dan dihitung kembali secara bersama dalam proses pemeriksaan perkara dalam pemeriksaan setempat (descente) yang dihadiri oleh Majelis Hakim, Pihak-pihak terkait (Panitia Pekerjaan), Ahli yang dihadirkan oleh Jaksa, Ahli yang dihadirkan oleh Terdakwa dan disaksikan oleh Majelis Hakim yang memeriksa perkara guna memperoleh fakta yang sebenar-benarnya dan penilaian yang berimbang tentang ada/tidaknya kerugian negara.